• Mùa giải 2000 đến 2019: các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm. Đội vô địch chuyển lên thi đấu tại V.League 1. Các đội cuối bảng (1 hoặc 2 đội tuỳ năm) phải xuống chơi tại Giải Hạng nhì quốc gia.[5][6][7]. Thể thức này được sử dụng lại ở mùa giải 2022 và 2023, mùa giải cuối cùng tổ chức thi đấu trong 1 năm dương lịch.
• Mùa giải 2020, sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra nhà vô địch, 6 đội còn lại sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.
• Mùa giải 2021 (mùa giải bị huỷ vì dịch COVID-19), sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn một lượt để tìm ra nhà vô địch; đội Á quân sẽ thi đấu play-off với đội đứng thứ 13 V.League 1 để xác định đội còn lại chơi tại V.League năm sau, 7 đội còn lại đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.
• Từ mùa giải 2023–24, các đội thi đấu vòng tròn 2 lượt trong 2 năm, từ mùa thu năm trước sang mùa hè năm sau.

Cách thức xếp hạng

Xếp hạng chung cuộc theo thứ tự sau:

• Điểm số các đội (theo thứ tự từ cao đến thấp)
• Nếu có 2 hoặc nhiều đội bằng điểm nhau thì xếp theo thứ tự qua các chỉ số phụ:

• Kết quả đối đầu trực tiếp
• Hiệu số bàn thắng bàn thua
• Tổng số bàn thắng

Đăng ký cầu thủ

Từ năm 2005 đến 2014, mỗi đội được đăng kí 2 cầu thủ nước ngoài thi đấu, nhưng từ mùa giải 2015 trở đi các câu lạc bộ không còn được phép sử dụng ngoại binh. Chỉ sử dụng cầu thủ nhập tịch và cầu thủ gốc Việt.